根据《国家税务总局关于无效产权转移征收契税的批复》（国税函〔2008〕438号）的规定，按照现行契税政策规定，对经法院判决的无效产权转移行为不征收契税。法院判决撤销房屋所有权证后，已缴的契税款应予退还。因此，由于法院判决王某与李某之间以抵押为实质的房屋过户行为无效，王某在法院判决生效后，撤销原房产登记，可以申请退还其已经缴纳的契税。